L'une des priorités scientifiques de l'INRA, pour les années à venir, est de renforcer la capacité de prédiction en biologie et en écologie en multipliant les collaborations interdisciplinaires. Dans ce contexte, une équipe d'informaticiens et de mathématiciens de MIA Jouy en Josas et une équipe de biologie végétale de l'IJPB à Versailles sont impliquées dans un projet ASC de biologie intégrative pour comprendre les mécanismes de morphogénèse embryonnaire.

Les partenaires biologistes ont mis en place un protocole de préparation des échantillons permettant d'obtenir des images confocales de très bonne résolution. L'embryon est imagé au sein de la graine. Après avoir fixé l'échantillon et vidé le contenu des cellules, les parois cellulaires sont marquées au iodure de propidium (IP). Chaque stade du développement précoce peut ainsi être observé en 3D. Un rendu volumique de la pile 3D des images ne permet pas d'identifier l'ensemble des structures et d'explorer précisément les données ( jusqu'à 300 cellules environ à 9 jours de développement). L'exploration de ces géométries est réalisée par la mise en place d'une chaine algorithmique permettant la reconstruction 3D (segmentation par watershed) et la visualisation supervisée des cellules. L'identification de chaque stade embryonnaire est alors basée sur le nombre de cellules. Actuellement, un traitement est en cours de développement pour reconstruire les évènements morphologiques entre 2 stades embryonnaires alors que les observations sont faites sur des échantillons indépendants. Cette étape précèdera la modélisation des processus mécaniques et biologiques sous-entendant la morphogénèse embryonnaire.